Le laboratoire de microbiologie peut aider le clinicien faisant face à un tableau clinique dans l’identification du germe responsable en proposant une panoplie de tests diagnostiques. Ces tests sont dit « directs» lorsqu’ils visent à détecter la présence (ou l’absence) du micro-organisme ; « indirects » lorsqu’ils cherchent ou mesurent réponse de l’organisme à l’infection.