Ce pathogène, Clostridioies difficile, est hautement contagieux et une spore très résistante. Au moment de l’exposition aux acides biliaires primaire dans l’intestin, le germe se multiplie. En l’absence de résistance au niveau de la flore intestinale, C. difficile colonise le colon et produit des toxines. Ces dernières inhibent la polymérisation de l’actine dans les cellules hôtes, conduisant à la mort cellulaire. Le pathogène germe au niveau du colon et sort du corps en forme de diarrhée.

Le mode de transmission est de type féco-oral.