Influenza
Virus à ARN, famille des orthomyxoviridae
Aspect
Influenza est un virus de la famille des orthomyxoviridae, présentant une capside à symétrie hélicoïdale et une enveloppe. Les sérotypes A, B et C sont d’intérêt clinique.
La classification des virus Influenza se base sur le sérotype, ainsi que sur la structure des hémagglutinines et des neuraminidases, qui sont deux protéines d’enveloppe.
Son génome est constitué par un simple brin d’ARN et dont les 8 segments (numérotés de 1 à 8) codent pour les polypeptides viraux. Les segments 4, 6 et 8 ont une importance clinique :
- Segment 4 : code pour l’hémagglutinine, une protéine de l’enveloppe constituant la cible des anticorps neutralisants ; il en existe 15 sérotypes (H1 à H15)
- Segment 6 : code pour la neuramidase, l’autre protéine d’enveloppe ciblée par les anticorps ; il en existe 9 sérotypes (N1 à N9)
- Segment 8 : code pour des protéines non structurelles multifonctionnelles, qui entre autre permettent au virus d’échapper à l’immunité innée
Les virus Influenza ont moyennement un virion de diamètre de 90 à 12 nanomètres et un génome de taille totale de 13.6 KB.
Le virus Influenza A est la cause principale des épidémies annuelles, et il a une large répartition d’espèces. Influenza B est principalement humain et cause des épidémies plus occasionnellement.
Il existe une troisième espèce : Influenza C, qui n’est actuellement documenté que chez le porc ou dans certains pays d’Asie.
Pathogenèse
La grippe est une maladie causée par un orthomyxovirus, ce nom commun est toutefois à différencier du syndrome grippal, qui peut être attribué à plusieurs autres virus (coronavirus, adénovirus, rhinovirus). Typiquement, seulement 5-10% des syndromes grippaux sont effectivement attribuables au virus Influenza, cette proportion a ultérieurement baissé en 2020-2021 en faveur des états grippaux causés par le coronavirus SARS-CoV-2. De surcroît les mesures sanitaires implémentées pour limiter la pandémie ont aussi atténué la circulation de la grippe.
Influenza cause typiquement une infection productive lytique, qu’on peut diviser en 6 étapes :
- Liaison au récepteur cellulaire grâce à l’hémagglutinine qui s’attache à l’acide neuraminique présent à la surface cellulaire. Le tropisme pour les oiseaux de certaines souches de Influenza est lié à la structure de ces protéines de surface
- Entrée dans la cellule par endocytose : l’hémagglutinine est clivée en 2 fragments par les protéases de l’hôte et la particule virale est internalisée dans un endosome dont le pH baisse en entrainant une modification des hémagglutinines et la fusion entre l’enveloppe virale et la membrane de l’endosome
- Entrée dans le cytoplasme et libération du matériel génétique
- Réplication, transcription dans le noyau de l’eucaryote et Synthèse des protéines virales
- Emballage des 8 segments d’ARN dans la capside et l’enveloppe et assemblage du virion mature infectieux
- Formation des particules matures à la surface de la cellule et libération grâce à la neuraminidase du virus qui dégrade l’acide neuraminique (récepteur de l’hémagglutinine)
Si la même cellule de l’hôte est infectée par 2 virus parentaux, les particules assemblées peuvent porter des segments des 2 souches parents. On parle de réassortiment et de réassortant. Ce type de mutation s’appelle shift.
Celui est un mécanisme fondamental d’évolution de Influenza, en complément aux mutations qui surviennent fréquemment lors de la réplication de l’ARN. Ce type de mutation s’appelle drift.
Le virus Influenza a un tropisme pour l’épithélium respiratoire en raison de l’activation des hémagglutinines par des protéases présentes dans les muqueuses des voies aériennes.
La grippe a une stratégie de survie de type « hit and run ». Cela signifie que le virus Influenza exploite son hôte humain pour se répliquer et se propager rapidement. Des autres virus ont des stratégies de « hit and stay », qui nécessite des méthodes pour échapper longtemps au système immunitaire.
Epidémiologie
La grippe est une maladie saisonnière qui fait des épidémies typiquement en hiver. Elle est pérenne dans les tropiques. Les épidémies répétées sont possibles grâce à la capacité du virus Influenza de modifier les épitopes de ses antigènes (hémagglutinines et neuraminidases) par des mécanismes de shift et de drift, et d’échapper donc au système immunitaire.
Lorsqu’il y a des petites mutations, une partie de la population sera déjà immunisée et les épidémies seront peu significatives. Lors d’un saut antigénique, la population entière sera potentiellement infectée et il se produira une pandémie de grippe.
Mode de transmission
Le virus influenza se transmet par la projection de gouttelettes lorsqu’une personne infectée parle, éternue ou tousse. C’est la voie directe. La transmission peut se faire également par voie indirecte par contact avec des objets ou des surfaces contaminés, ou par les salutations par la main.
Clinique
La période d’incubation est d’un à quatre jours.
L’infection par Influenza se présente par un syndrome grippal avec fièvre, frissons, céphalées, toux, rhume, dyspnée, asthénie, anorexie, arthralgies et myalgies. D’autres symptômes comme des gastralgies, des nausées, des vomissements peuvent survenir ; ils sont plus présents chez les enfants.
Elle peut se présenter en forme particulièrement sévère chez les patients les plus fragiles : les personnes âgées de plus de 65 ans, les patients avec des maladies chroniques et les patients immunosupprimés.
Dans environ 5% des cas, la grippe se complique d’une surinfection bactérienne.
D’autres complications possibles sont la pneumonie virale primaire, la myocardite, la myosite et l’encéphalopathie grippale.
Diagnostic
Le diagnostic clinique est suspecté sur la triade typique :
- Fièvre
- Toux
- Période épidémique
Des tests diagnostiques sont principalement réalisés chez les personnes à risque : enfants en bas âge, personnes âgées et personnes immunodéprimées, celles-ci étant à risque de formes graves de la maladie et de complications.
Le diagnostic microbiologique se fait par test de diagnostique rapide (test antigénique ou PCR). Toutefois, la sensibilité des tests diagnostiques moléculaires est supérieure aux tests antigéniques. Les méthodes de culture virale permettent également de diagnostiquer l’infection.
Traitement
Le traitement est essentiellement symptomatique (antalgique, antipyrétique, vitamine C, antiémétiques). Dans les cas graves, les antiviraux sont nécessaires, comme l’Oseltamivir qui est un inhibiteur de la neuraminidase.
La grippe peut être prévenue par des mesures d’hygiène de base, spécialement en cas de symptômes grippaux
- Limiter les contacts avec les autres personnes (spécialement les sujets à risque)
- Se couvrir la bouche et le nez lors d’accès de toux et d’éternuement
- Se moucher dans mouchoirs à usage unique et les jeter dans une poubelle fermée
- Se laver les mains fréquemment
Un vaccin annuel contre la grippe est aussi disponible. Le vaccin est recommandé pour les personnes présentant un risque important d’hospitalisation. Il est aussi recommandé pour les proches et le personnel soignant pour mieux protéger les sujets à risque.
Les vaccins sont produits en purifiant les glycoprotéines d’enveloppe ou par culture cellulaire. Il s’agit d’un processus relativement complexe et pour vacciner à partir d’octobre, les souches à administrer sont définies déjà en février.
La plupart des vaccins sont tri- ou quadrivalents. Ils ne préviennent que la grippe due au virus Influenza et pas la totalité des syndromes grippaux, ainsi la perception de son efficacité est généralement sous-estimée par la population générale.
Remarques
La nomenclature du virus (p.ex. A/chicken/HK/258/97 (H5N1)) se compose de la manière suivante :
- Le sérotype : A, B ou C (ici A)
- L’espèce source si différente de l’être humain (ici chicken)
- Le lieu géographie d’isolement (ici HK pour Hong Kong)
- Le numéro de l’isolat (ici 258)
- L’année de l’isolement (ici 97)
- La formule des sous-types d’hémagglutinine et neuraminidase (ici H5N1)
Anécdote
L’exemple cité est celui du virus de la grippe aviaire, qui a été isolée aussi chez l’être humain, dont le nom est A/HK/156/97 (H5N1).
H5N1 est particulièrement important car l’hémagglutinine H5 et la neuraminidase N1 sont associées à une plus grande virulence. Cette souche fut transmise des oiseaux aux êtres humains en 1997. Elle causa 6 décès parmi les 18 personnes infectées. Tous les poulets du territoire furent exterminés afin de prévenir une dissémination.
En 2004 le virus H5N1 se répandit en Asie du Sud-Est, causant un total de 23 morts. Il circula aussi en Mongolie, en Turquie et en Roumanie en 2005 et dans de nombreux pays européens en 2006. Globalement la grippe aviaire a infecté plus de 600 personnes, avec une mortalité autour de 50%.
Elle reste à ce jour une maladie zoonotique sans transmission interhumaine soutenue, empêchant l’apparition d’une pandémie.
